پاتوژن‌های گیاهی بر روی سلامت گیاهان اثر می‌گذارند و تهدید مزمنی برای تولیدات کشاورزی در کل اکوسیستم‌ها می‌باشند. تولیدات کشاورزی سخت‌تر از دهه‌ های گذشته شده است (Compant et al., .(2005 علی‌رغم استفاده از تمامی یافته‌های گیاهپزشکی و ابزارهای موجود برای محافظت از گیاهان در حدود یک سوم از محصولات کشاورزی توسط آفات و بیماری‌ها از بین می‌رود (Nakkeeran et al., 2005). استفاده از مواد شیمیایی تاثیرات مثبتی داشته و کمک زیادی به افزایش و بهبود محصولات غذایی کرده است.

    افزایش قیمت مواد شیمیایی و تقاضا برای مواد غذایی عاری از مواد شیمیایی منجر به جستجو برای روش‌های جایگزین شده است (Kloepper, 1993).

عدم موفقیت در صادرات محصولات زراعی و باغی بعلت باقیمانده سموم شیمیایی از یکطرف و تاثیر اندک روش شیمیایی در کنترل عوامل بیماری‌زای خاکزی، هزینه‌های اقتصادی و همچنین کاهش تاثیر آن‌ ها بدلیل ظهور نژادهای مقاوم سبب محدودیت استفاده از سموم شده است.(Whips, 2001; Glimour, 2001)

کاربرد مواد شیمیایی از قبیل سموم و کودهای شیمیایی یکی از اساسی‌ترین چالش‌‌های قرن حاضر است به طوری که در بسیاری از نقاط جهان بدلیل بهره برداری نادرست و کاربرد بی‌رویه انواع نهاده‌های کشاورزی، وسعت قابل توجهی از زمین‌های کشاورزی تخریب شده‌اند (Glimour, 2001).

بعلاوه مشکلاتی از قبیل از بین رفتن میکروارگانیسم‌‎های مفید، مسمومیت کارگران و … استفاده از مواد شیمیایی را محدود می‌کند. دلایل فوق دستیابی به روش‌‌‌های سالم و ارزانتر را بعنوان یک چالش جدی فراوری محققان قرار داده است. در این حرکت استفاده از مواد بیولوژیک در کنترل بیماری‌های گیاهی مورد توجه قرار گرفته است که در این بین باکتری‌های آنتاگونیست از جایگاه ویژه‌ایی برخوردار هستند. عوامل کنترل زیستی، رشد گیاه را زیاد کرده و مکانیزم مقاومت را در میزبان فعال می‌کند. باکتری‌های آنتاگونیست خصوصاً سودموناس‌های فلورسنت با تولید یکسری متابولیت‌های ضدمیکروبی و آنتی‌بیوتیک، سیانید هیدروژن، سیدروفور، پروتئاز و پدیده رقابت و … نقش موثری در کنترل بیماری‌های خاکزی دارند (Lopper, 2006).

از جمله بیمارگرهای مهم خاکزی میتوان Rhizoctonia solani Kuehnعامل مرگ گیاهچه، پوسیدگی بذر، پوسیدگی ریشه و طوقه لوبیا را نام برد. این قارچ ممکن است عامل بیماری بسیاری از گیاهان باشد و یا بصورت ساپروفیت در خاک زندگی کند. گونه R. Solani دارای دامنه وسیع از نژادهای بیماریزا است که برخی فقط محدود به یک گونه میزبان می‌‌‌باشند و برخی دامنه وسیعی از میزبان‌ها را دارا هستند. انتشار وسیع جغرافیایی، بالا بودن قدرت بیماریزایی، دوام و قدرت ساپروفیتی بالا، این قارچ را از نظر بیماریزایی با اهمیت نموده است و از طرفی پیچیدگی محیط خاک و عدم کارایی روش های متداول کنترل شیمیایی، مدیریت بیماری های خاکزاد را دشوار می‌سازد. از این رو استفاده از ارقام مقاوم در ترکیب با تناوب زراعی و سایر روش‌ها در کنترل تلفیقی توصیه می‌شود (Agrios, 2005).

در پاسخ به شرایط محیطی سالم و جایگزینی آفت کش‌ها، لازم است روشی برای کنترل آفات و بیماری‌ها در مدیریت تلفیقی بسنجیم. با این حال به نظر می‌رسد که برخی آفت‌کش‌ها در آینده استفاده شوند و اعتماد بیشتری به آن‌ ها نسبت به عوامل کنترل بیولوژیک باشد اما عوامل کنترل بیولوژیک دامنه عمل کمتری نسبت به سموم دارند و نمایش ناسازگاری در مزرعه دارند و این دلایل اصلی محدودیت استفاده از آن‌ ها برای کنترل بیماری‌هاست.

پیچیدگی اکوسیستم خاک، موفقیت عوامل بیوکنترل را در خاک به چالش کشانده است و بنابراین تأثیر عوامل زنده و غیرزنده باید به خوبی مطالعه شوند (Saravanan et al., 2004).

یک علم کامل در مورد مکانیسم و طریقه عمل مربوط به کنترل بیماری به انتخاب گزینه مطمئن کمک خواهد کرد که جهت تولید محصول تجاری قابل اطمینان برای صنایع باشد .(Collins et al.,2005)

تاکنون افراد زیادی پتانسیل استفاده از باکتری‌های همراه گیاهان در تحریک رشد گیاهان، مدیریت خاک و مدیریت سلامت گیاهان شرح داده‌‌‌اند. در سالهای اخیر امکان کنترل بیولوژیکی عوامل بیماری‌زای گیاهی با بهره گرفتن از میکروارگانیسم‌های آنتاگونیست بخصوص جنس سودوموناس و باسیلوس مطرح شده است (2001 ,Dekkers & Lugtenberg).

این دو جنس در ریزوسفر به فراوانی وجود دارند و در مقایسه با کل خاک ریزوسفر سرشار از مواد غذایی است و زمینه را برای گسترش جمعیت میکروبی در اطراف ریشه فراهم می‌کند و این حالت بعنوان اثر ریزوسفر شناخته می شود. بنابراین میکروارگانیسم‌های که در ناحیه ریزوسفر زندگی می‌کنند خط مقدم دفاعی ریشه علیه بیماری‌های خاکزی می‌باشند (.(Oberhansli,1991